Την εφαρμογή της απόφασης του ΣτΕ για το μάθημα των Θρησκευτικών, σύμφωνα με την οποία «πρέπει να επιδιώκεται η ανάπτυξη της ορθόδοξης χριστιανικής συνείδησης», αναμένει από το υπουργείο Παιδείας η Διαρκής Ιερά Σύνοδος. Στην ανακοίνωσή της μετά τη διήμερη συνεδρίασή της, η ΔΙΣ τονίζει ότι «σέβεται πλήρως τις αποφάσεις του Συμβουλίου της Επικρατείας για το μάθημα των Θρησκευτικών και αναμένει την εφαρμογή τους από την Πολιτεία και το αρμόδιο υπουργείο Παιδείας και Θρησκευμάτων».
Επίσης, η Διαρκής Ιερά Σύνοδος τονίζει στην ανακοίνωσή της ότι «είναι πάντοτε σε διάθεση συνεργασίας και επικοινωνίας για το καλύτερο αποτέλεσμα της διδασκαλίας του μαθήματος των Θρησκευτικών βάσει των οριζομένων από το Σύνταγμά μας».
Η Ολομέλεια του ΣτΕ, στις 20 Σεπτεμβρίου, με πρόεδρο τον Αθανάσιο Ράντο ακύρωσε ως αντισυνταγματικές τις υπουργικές αποφάσεις του τέως υπουργού Παιδείας Κώστα Γαβρόγλου σχετικά με το Πρόγραμμα Σπουδών για το μάθημα των Θρησκευτικών στο Δημοτικό, Γυμνάσιο και Λύκειο, κρίνοντας ότι πρέπει να επιδιώκεται η ανάπτυξη της ορθόδοξης χριστιανικής συνείδησης.
Οι δικαστές της Ολομέλειας σε σχέση με τη διδασκαλία του μαθήματος των Θρησκευτικών έκριναν κατά πλειοψηφία ότι πρέπει να επιδιώκεται η ανάπτυξη της ορθόδοξης χριστιανικής συνείδησης και ότι το μάθημα αυτό απευθύνεται αποκλειστικά στους ορθόδοξους χριστιανούς μαθητές.
Επίσης, το ΣτΕ στην απόφασή του επισημαίνει ότι οι ετερόδοξοι, αλλόθρησκοι ή άθεοι μαθητές έχουν δικαίωμα πλήρους απαλλαγής από το μάθημα με την υποβολή σχετικής δήλωσης, η οποία θα μπορούσε να γίνει με μόνη την επίκληση λόγων θρησκευτικής συνείδησης.
Η δε Πολιτεία οφείλει, εφόσον συγκεντρώνεται ικανός αριθμός μαθητών που απαλλάσσονται, να προβλέψει τη διδασκαλία ισότιμου μαθήματος προκειμένου να αποτραπεί ο κίνδυνος «ελεύθερης ώρας».
Η απόφαση του ΣτΕ είχε προκαλέσει την έντονη αντίδραση της αντιπολίτευσης, με τους Νίκο Φίλη και Κώστα Γαβρόγλου να επισημαίνουν ότι τα θρησκευτικά «δεν θα είναι πλέον μάθημα αλλά κατήχηση» κόντρα στην προσπάθεια της κυβέρνησης ΣΥΡΙΖΑ «να είναι μάθημα γνώσης και όχι πίστης».
Επίσης, ο μητροπολίτης Αλεξανδρουπόλεως, μια ψύχραιμη φωνή στον χώρο της ιεραρχίας, είχε σχολιάσει ότι «τα σχολεία μας δεν χρειάζονται ούτε κατηχητές ούτε απολογητές. Χρειάζονται εμπνευσμένους καθηγητές, επιστήμονες Θεολόγους που θα διδάσκουν ένα μάθημα γνώσης, ένα μάθημα πολιτισμού, ένα μάθημα σύμφωνα με τα επιστημονικά και παιδαγωγικά πρότυπα, ένα μάθημα ως μια άσκηση αγάπης με τα μάτια στραμμένα στον κόσμο και όχι στον εαυτό μας». Επίσης, κάλεσε την υπουργό Παιδείας, Νίκη Κεραμέως, «να μη σκεφθεί το πρόσκαιρο πολιτικό κόστος ή όφελος αλλά ας αποφασίσει με την καρδιά και το νου αναλογιζόμενη όχι τις επόμενες εκλογές αλλά την επόμενη γενιά»
