Υπέρ της έκπτωσης από τις δαπάνες του ΦΠΑ που βαρύνει το κόστος διατροφής των εργαζομένων -εφόσον αποτελεί νόμιμη υποχρέωση των επιχειρήσεων- τάχθηκε το Συμβούλιο της Επικρατείας.
Ειδικότερα, σύμφωνα με απόφαση του Β΄ Τμήματος του ΣτΕ, είναι μη νόμιμη, αντίθετη στην ευρωπαϊκή νομοθεσία και μη εφαρμοστέα η διάταξη του άρθρου 23 του νόμου 1642/1986, με την οποία αποκλείεται η δυνατότητα έκπτωσης του ΦΠΑ που βαρύνει το σχετικό κόστος τροφής των εργαζομένων.
Στο σκεπτικό της απόφασης του ΣτΕ, που στη συγκεκριμένη περίπτωση ασχολήθηκε με υπόθεση γνωστής ελληνικής ναυτιλιακής εταιρείας, για την οποία η αρμόδια ΔΟΥ δεν δέχθηκε το ποσό που είχε εκπέσει του ΦΠΑ, το οποίο αντιστοιχούσε στο κόστος τροφοδοσίας των πληρωμάτων των πλοίων που έχει και εκτελούν εσωτερικούς πλόες, υπογραμμίζεται, μεταξύ άλλων:
«Το δικαίωμα προς έκπτωση αποτελεί αναπόσπαστο τμήμα του μηχανισμού ΦΠΑ και δεν μπορεί, κατ’ αρχήν, να περιοριστεί. Σκοπός του συστήματος των εκπτώσεων, είναι η πλήρης απαλλαγή του επιχειρηματία από το βάρος του οφειλομένου ή καταβληθέντος ΦΠΑ, στο πλαίσιο όλων των οικονομικών δραστηριοτήτων του. Κατά τη διάταξη του άρθρου 101 του Κώδικα Δημοσίου Ναυτικού Δικαίου, με την οποία κυρώθηκε η 68/1946 Διεθνής Σύμβαση Εργασίας “περί τροφοδοσίας των πληρωμάτων”, η τροφοδοσία του πληρώματος του πλοίου αποτελεί νόμιμη υποχρέωση, η οποία βαρύνει τον εφοπλιστή και κατά συνέπεια ο ΦΠΑ εισροών που επιβάλλεται επί της δαπάνης για την εν λόγω τροφοδοσία πρέπει να δύναται να τύχει εκπτώσεως από τον ΦΠΑ των εκροών, που οφείλει να καταβάλει η τελευταία».
